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宏基因组测序
宏基因组学(Metagenomics),又被称为微生物环境基因组学、元基因组学。其研究不要求对每种微生物进行分离、纯化和培养,而是以特定生物环境中总的微生物群落作为研究对象,提取全部DNA对其进行高通量测序、序列组装和基因注释,获得环境微生物基因信息的总和。以此可以分析微生物群体基因组成多样性与丰度、微生物的群落结构、物种分类、进化关系、微生物与宿主间的互作关系,和发掘新的或具备特定功能的基因等。宏基因组测序与传统的研究方法相比,具有实验周期短、通量高、速度快、信息全等优势,极大地扩展了微生物学的研究范围。 技术优势: 1、通量高:高通量Hisep测序平台,有助于发现特异物种信息,确保检测到样品中的低丰度微生物; 2、定制化服务:根据客户实际需求,定制个性化的测序及分析方案,帮助您得到最有效的结果; 3、项目经验丰富:成熟的实验技术与团队,超百例项目的高质量完成; 4、前沿分析手段:基于中科院微生物研究所最前沿的宏基因分析策略,提供准确、完善的生信分析结果。 常见应用领域如下: 医学领域:消化系统、内分泌系统、免疫感染类疾病,研究微生物与疾病关联等; 农业领域:植物根系微生物、施肥或农药影响土壤微生物、植物病害等; 畜牧领域:动物胃肠道、排泄物微生物与营养、疾病的关联等; 环境领域:土壤、水体、淤泥、雾霾,研究污染及生态修复、评价环境健康等; 特殊极端环境:矿井、深海、沙漠、火山口、温泉等极端环境条件下的微生物及资源研究。 研究趋势及热点 宏基因组研究是对微生物群落总基因进行高深度测序,在鉴定微生物群落的同时,主要注重挖掘功能基因及其代谢途径。基于测序技术和生物信息学的快速发展,宏基因组技术优势在微生物领域中愈发明显,应用范围也愈发广泛。 应用方向:1.构建特定环境下的完整微生物谱;2.寻找特定疾病或亚健康人群的菌群标志物;3.特殊微生物群体致病机制研究;4.耐药性和抗性基因筛查;5.微生物潜在基因资源挖掘。
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