16S rRNA 基因是编码原核生物核糖体小亚基rRNA(16S rRNA)的DNA序列，长度约为1540 bp，存在于所有细菌染色体基因组中。序列包含9个可变区（variable region）和10个恒定区（constant region）。保守区域反映生物物种间的亲缘关系；而高变序列区域则能反应物种间的差异。

过提取环境微样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S的目标区域，通过对目标区域的序列和丰度进行分析，来研究环境微生物的菌落结构差异，是微生物多样性研究的重要方法。

优势：测序读长长、结果准确率高、项目周期短，性价比高。