宏基因组学（Metagenomics），又被称为微生物环境基因组学、元基因组学。其研究不要求对每种微生物进行分离、纯化和培养，而是以特定生物环境中总的微生物群落作为研究对象，提取全部DNA对其进行高通量测序、序列组装和基因注释，获得环境微生物基因信息的总和。以此可以分析微生物群体基因组成多样性与丰度、微生物的群落结构、物种分类、进化关系、微生物与宿主间的互作关系，和发掘新的或具备特定功能的基因等。宏基因组测序与传统的研究方法相比，具有实验周期短、通量高、速度快、信息全等优势，极大地扩展了微生物学的研究范围。

技术优势：

1、通量高：高通量Hisep测序平台，有助于发现特异物种信息，确保检测到样品中的低丰度微生物；

2、定制化服务：根据客户实际需求，定制个性化的测序及分析方案，帮助您得到最有效的结果；

3、项目经验丰富：成熟的实验技术与团队，超百例项目的高质量完成；

4、前沿分析手段：基于中科院微生物研究所最前沿的宏基因分析策略，提供准确、完善的生信分析结果。

常见应用领域如下：

医学领域：消化系统、内分泌系统、免疫感染类疾病，研究微生物与疾病关联等；

农业领域：植物根系微生物、施肥或农药影响土壤微生物、植物病害等；

畜牧领域：动物胃肠道、排泄物微生物与营养、疾病的关联等；

环境领域：土壤、水体、淤泥、雾霾，研究污染及生态修复、评价环境健康等；

特殊极端环境：矿井、深海、沙漠、火山口、温泉等极端环境条件下的微生物及资源研究。

研究趋势及热点

宏基因组研究是对微生物群落总基因进行高深度测序，在鉴定微生物群落的同时，主要注重挖掘功能基因及其代谢途径。基于测序技术和生物信息学的快速发展，宏基因组技术优势在微生物领域中愈发明显，应用范围也愈发广泛。

应用方向：1.构建特定环境下的完整微生物谱；2.寻找特定疾病或亚健康人群的菌群标志物；3.特殊微生物群体致病机制研究；4.耐药性和抗性基因筛查；5.微生物潜在基因资源挖掘。